Hakan Fidan, Kara Harp Okulu'ndan mezun olmuştur. Daha sonra Bilkent Üniversitesi'nde Yönetim ve Siyaset Bilimi alanında lisans derecesi almıştır. Yüksek lisans ve doktora derecelerini de aynı alanda Londra Üniversitesi'nden almıştır.